O primeiro deles foi o Benfica. Depois de ar por clubes menores de Portugal, Jesualdo chegou aos Encarnados em 2001, inicialmente como auxiliar tcnico. Depois da demisso do treinador principal, ele assumiu interinamente at o final daquele ano. Como os resultados foram bons, ele permaneceu at o final de 2002.
Fato curioso que Jesualdo assumiu o Benfica de maneira definitiva porque Jos Mourinho, ento treinador do Unio Leiria, negou o convite por no querer abandonar seu clube no meio da temporada. No total, foram 30 jogos no comando, com 16 vitrias, 7 empates e 7 derrotas, tendo aproveitamento de 61,1%.
Em 2006, foi a vez do treinador chegar ao Porto e comear a sua histria vencedora pelo clube. Nos Drages, Jesualdo teve o auge de sua carreira. Foi l que conquistou trs Campeonatos Portugueses, duas Copas de Portugal e uma Supertaa de Portugal.
O treinador ficou no cargo at 2010, quando o desempenho foi abaixo dos anos anteriores e o contrato foi rompido. No total, foram 181 jogos pelo Porto, com 122 vitrias, 27 empates e 32 derrotas, com 72,3%.
O seu ltimo trabalho nos grandes clubes de Portugal foi na temporada 2012-2013, quando assumiu o Sporting. O incio do seu trabalho em Alvalade foi como diretor de futebol, mas depois acumulou a funo de treinador. Foram apenas 18 jogos pela equipe, com 10 vitrias, 3 empates e 5 derrotas, totalizando 61,1% de aproveitamento.